۱ – مرجع ثبت شرکتها و مالکیت صنعتی و معنوی
۲ – ثبت شرکتها در مناطق ویژه اقتصادی توسط سازمان ثبت اسناد و املاک با قوانین مناطق آزاد تجاری
۳ – ثبت شرکتها در شهر فرودگاهی امام خمینی(ره)
صلاحیت و چگونگی مسئولیت سازمان مناطق آزاد جهت ثبت شرکتها در قانون اینطوری بیان شده: ثبت شرکتها و مالکیتهای صنعتی و معنوی، در هر منطقه، با رعایت اصل هشتاد و یکم قانون اساسی، طبق ضوابط مصوب هیأت وزیران انجام میشه.
تبصره: ثبت شرکتها و مالکیتهای صنعتی ومعنوی در هر منطقه توسط سازمان اون منطقه انجام میشه.
همچنین در قانون ثبت شرکتها و مالکیتهای صنعتی و معنوی در مناطق آزاد تجاری – صنعتی این واحد به شکل زیر تعریف میشه که:
سازمان در هر منطقه برای انجام امور ثبتی شرکتها و مالکیت صنعتی ومعنوی در اون منطقه، واحدی به نام واحد ثبت شرکتها و مالکیتهای صنعتی ومعنوی تأسیس میکنه. همۀ اشخاص حقوقیای که در منطقه فعالیت اقتصادی دارن، باید ظرف سه ماه از تاریخ اعلام ثبتی وضعیت خود رو با مفاد این تصویبنامه و دستورالعملهای اون تطبیق بدن، در غیر اینصورت مرجع صالح به تقاضای سازمان از ادامۀ فعالیت این اشخاص جلوگیری میکنه. دستورالعملهای اجرایی این ماده توسط سازمان هر منطقه تهیه، و به اجرا گذاشته میشه.
سازمان ثبت اسناد و املاک کشور تمام سوابق و مدارک مربوط به اشخاص حقوقیای که قبل از ایجاد واحد ثبتی منطقه، در نقاط دیگۀ کشور به ثبت رسیدهاند رو بنا به تقاضا، برای اون واحد ثبتی ارسال میکنه. سازمان ثبت برای اینکه مشکلی برای تعیین نامهای مشابه برای شرکتهای در حال ثبت به وجود نیاد با واحدهای ثبتی مناطق هم همکاری میکنه.
طبق قانون ثبت شرکتها و مالکیتهای صنعتی و معنوی، در مناطق آزاد تجاری – صنعتی جمهوری اسلامی ایران، انواع شرکتها و مؤسسات غیرتجاری ذکر شده در قانون تجارت و سایر قوانین ایران میتونن در واحد ثبتی منطقه به ثبت برسن، به شرط اینکه موضوع فعالیت اونها قانونی باشه. در هر حال امکان تأسیس و فعالیت اونها تحت قوانین وجود داره.
طبق قانون برنامۀ پنجم توسعۀ اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی، مقرر شده تا به منظور سازماندهی مناطق ویژۀ اقتصادی و ایفای نقش مؤثر اونها در تحقق اهداف سند چشم انداز بیست سالۀ نظام، مدیریت یکپارچهای و ایجاد رشد اقتصادی، تعامل بیشتر اقتصاد ملی و جهانی و ارائۀ الگوی ملی مؤثر موارد زیر رعایت بشه:
الف) مدیران سازمانهای مناطق آزاد به نمایندگی از طرف دولت، بالاترین مقام منطقه محسوب میشن و کلیۀ وظایف، اختیارات و مسئولیتهای دستگاه اجرایی دولتی مستقر در این مناطق، به جزء نهادهای دفاعی و نظامی به عهدۀ اونهاست.
ب)سازمانهای مناطق آزاد، منحصراٌ براساس قانون چگونگی ادارۀ مناطق آزاد تجاری – صنعتی و اصلاحات بعدی اون و قانون کار اداره میشن.
نکتۀ مهم اینه که ثبت شرکتها توی مناطق ویژۀ اقتصادی شرایط دیگهای داره. طبق قانون تشکیل و ادارۀ مناطق ویژۀ اقتصادی جمهوری اسلامی ایران، سازمان ثبت اسناد و املاک کشور، موظفه تا براساس درخواست سازمان منطقه، اقدامات زیر رو انجام بده:
ثبت شرکت، شعب و یا نمایندگی شرکتهایی که قصد فعالیت در منطقه رو دارن، بدون در نظر گرفتن میزان مشارکت سهام داخلی یا خارجی اونها و ثبت مالکیتهای مادی ومعنوی در منطقه. طبق قانون، ثبت شرکتها و یا شعب نمایندگی شرکتها در مناطق ویژۀ اقتصادی براساس درخواست سازمان منطقه بوده و برعهدۀ ادارۀ ثبت اسناد و املاک مربوطه ست، این ثبت طبق قانون ثبت شرکتها و مالکیت صنعتی ومعنوی، و اصلاحات بعدی اون انجام میشه.
در نتیجه، ثبت شرکت در مناطق ویژۀ اقتصادی با ثبت شرکت در مناطق آزاد تجاری متفاوته؛ هرچند شرایط و ضوابط یکیه، اما توی مناطق ویژه ثبت به عهدۀ سازمان اسناد و املاک کشوره، ولی ثبت در مناطق آزاد تجاری به عهدۀ واحد مستقل ثبت شرکتها در مناطق آزاده.
در قوانین و مقررات بعدی این آشفتگی و پیچیدگی بیشتر هم میشه، بطوریکه طبق برنامۀ پنجم توسعۀ اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی مقرر شده تا برای تقویت موقعیت کشور در شبکۀ حمل و نقل هوایی بینالمللی و افزایش درآمد ناشی از عبور (ترانزیت) و حمل و نقل کالا و مسافر و اشتغالزایی و تبدیل شدن فرودگاه بین المللی امام خمینی (ره) به قطب اول حمل و نقل بار در منطقه و قطب دوم حمل و نقل مسافری منطقه، با تأکید بر استقلال سازمانی، مالی و مدیریتی این فرودگاه، یک شهر فرودگاهی در محدودۀ فرودگاه بین المللی امام خمینی (ره) ایجاد بشه، و یک منطقۀ آزاد تجاری و منطقۀ ویژۀ اقتصادی هم در قالب شرکت دولتی وابسته به شرکت مادر تخصصی فرودگاههای کشوربه وجود بیاد، که اساسنامۀ اون به پیشنهاد وزارت راه و شهرسازی به تصویب هیأت وزیران رسیده. همونطور که مشاهده میشه، بر طبق این قانون و اساسنامۀ مصوب، سرپرست مربوط به منطقۀ آزاد شهر فرودگاهی امام خمینی (ره) بر عهدۀ یک شرکت دولتی که زیر نظر وزارت راه و شهرسازیه هست، که با در نظر گرفتن سرپرستی جداگانۀ اون، باعث میشه تا سه گانگی صلاحیت در مناطق آزاد تجاری و مناطق ویژه اقتصادی و شهر فرودگاهی امام خمینی(ره) توسط قانوننویسان ایجاد بشه.
پیشنهاد میشه این آشفتگی صلاحیتها در این مناطق با در نظر گرفتن اصول ثبتی برای آسون کردن خدمت رسانی به اشخاص حقیقی و حقوقی و فعالان تجاری و اقتصادی و با نظارت سازمان ثبت اسناد و املاک مورد اقدام قرار بگیره، و فقط برای فراهم کردن تسهیلات و امکانات و ضروریتهای هر منطقه، راهکارهای اجرایی مناسب توسط مناطق آزاد در نظر گرفته بشه.