اگر بعد از صدور کارت بازرگانی مشخص شود که دارنده کارت همه شرایط لازم کارت را نداشته و یا بعد از صدور شرایط را از دست داده است ، وزارت بازرگانی می تواند کارت را باطل کند و به اتاق بازرگانی و صنایع یا اتاق تعاون خبر بدهد .
اگر که این موضوع ، برای اتاق بازرگانی یا اتاق تعاون مشخص گردد باید برای ابطال کارت به وزارت بازرگانی خبر بدهد .
در ضمن اگر کسی که قاچاق کرده باشد طبق ماده ۳۰ قانون امور گمرک ایران کارت بازرگانی داشته باشد درصورت محکومیت علاوه بر مجازات های مربوطه از عضویت به صورت موقت یا دائم محروم و کارت بازرگانی وی باطل می شود .