مهم ترین تفاوت های مناطق آزاد و ویژه :
اول : در مناطق آزاد معافیت مالیاتی ۱۵ ساله و در مناطق ویژه اقتصادی ، تخفیف مثل داخل کشور
دوم : در مناطق آزاد خرده فروشی برای همه مجاز است و در منطقه ویژه خرده فروشی کالا فقط برای خارجی ها است .
سوم: در مناطق آزاد ، بیمه و مقررات کار، برای اتباع خارجه طبق قانون منطقه آزاد است ولی در منطقه ویژه مثل داخل کشور است .